"Muy triste por tener que retirarme de mi próximo partido aquí en Madrid", escribió Sinner en X.
"La cadera me ha estado molestando esta semana y poco a poco los dolores han ido en aumento. Siguiendo el consejo de los médicos hemos decidido que es mejor no seguir jugando para evitar que empeore la situaciín."
La retirada de Sinner se produjo sólo unos minutos después de que el número tres del mundo y dos veces defensor del título ,Carlos Alcaraz, fuera eliminado en cuartos de final por Andrey Rublev.
El italiano Sinner, de 22 años, que participaba por tercera vez en Madrid, tiene un récord de 28-2 en la presente temporada.
En enero conquistó su primer título de Grand Slam en el Abierto de Australia, antes de conquistar su segundo Masters 1000 en Miami.
Sinner jugará en casa en el Abierto de Italia, en Roma, la próxima semana, antes de intentar el asalto de Roland Garros, el segundo grande de la temporada, que comienza en París el 26 de mayo.
Auger-Aliassime, número 35 del mundo, se enfrentará por un puesto en la final a Daniil Medvedev, tercer cabeza de serie, o a Jiri Lehecka, 30º.
Lehecka eliminó el martes al pentacampeón Rafael Nadal en la cuarta ronda de Madrid.
Sinner pareció tener problemas en la cadera durante su victoria en tercera ronda contra Pavel Kotov, y el italiano no se recuperó del todo contra Karen Khachanov cuando derrotó al ruso en tres sets el martes.